Решением Президиума Якутского научного центра, Сибирского отделения Российской академии наук 3 октября 1979 году в городе Якутске, по адресу ул. Ярославского 35/1 открыл свои двери детский сад №88 с проектной мощностью – 280 мест (12 групп дошкольного возраста), с обучением на русском языке.
Первой заведующей с сентября 1979 года была назначена Алексеева Нина Ангаевна, специалист с высшим дошкольным образованием и имеющая уже к тому времени большой опыт работы руководителя дошкольного учреждения. Детский сад сразу стал базовым учреждением для подготовки специалистов дошкольного образования ЯПУ-2 и педагогического института. В детском саду впервые в республике внедрялись передовые методы работы. На базе детского сада проходили республиканские курсы повышения квалификации. В 1987 году, переняв опыт Горьковских детских садов по оздоровлению дошкольников, были открыты две санитарные группы для часто болеющих детей. Внедрялись новые формы закаливания и оздоровления, новые образовательные методики и программы: методика обучения шестилеток по системе Эльконина, обучение чтению по методике Зайцева, программа «Развития» Венгера. Под руководством Нины Ангаевны детский сад переживал и трудные годы перестройки. Детскому саду большую помощь оказывало ведомство в лице руководства ЯНЦ СО РАН и директоров институтов по укреплению материальной базы, ремонту и обслуживанию учреждения.
В 2000 году почетный работник народного образования Нина Ангаевна ушла на заслуженный отдых, и ее преемницей стала старший воспитатель Чернышева Вера Александровна, проработавшая заведующей детского сада с 2001 по 2004 год. С января 2005 года детский сад перевели на полное самофинансирование. В этих условиях ДОУ №88 СО РАН возглавила Ястребова Светлана Григорьевна, которая проработала заведующей до 2015 года.
В соответствии с Федеральным законом от 27.09.2013 № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30.12.2013 № 2591-р Учреждение передано в ведение Федерального агентства научных организаций. По приказу ФАНО России от 30.07.2014 №436 учреждение переименовано в Федеральное государственное бюджетное дошкольное образовательное учреждение «Детский сад комбинированного вида №88». Приказом ФАНО России от 11.12.2014 № 1234 утвержден устав ФГБДОУ “Детский сад комбинированного вида № 88.” В устав внесены изменения: приказы ФАНО России от 26.11.2015 № 570 и от 19.04.2016 № 186.
Учреждение является некоммерческой организацией, созданной в форме федерального государственного бюджетного учреждения. За 30 лет деятельности детский сад воспитал и выпустил более 1500 детей.
С 2015 года по февраль 2017 года временно исполняющей обязанности заведующей детского сада работала Айталина Петровна Припузова.
С февраля 2017 года приказом ФАНО России вр.и.о. заведующей детским садом назначена Анна Афанасьевна Федорова. В настоящий момент коллектив детского сада разрабатывает новую концепцию детского сада, работает над программой развития.